Στο 2ο ΕΠΑΛ Ρεθύμνου λειτουργούν δύο Τομείς και τρεις Ειδικότητες για το σχολικό έτος 2019 – 2020.
- Ο Τομέας Διοίκησης και Οικονομίας με δύο Ειδικότητες (Υπάλληλος Τουριστικών Επιχειρήσεων και Υπάλληλος Διοίκησης και Οικονομικών Υπηρεσιών).
- Ο Τομέας Γεωπονίας, Τροφίμων και Περιβάλλοντος με μια Ειδικότητα (Τεχνικός Φυτικής Παραγωγής).